新進ニュースレポーターのジェニー・ラーナー（ティア・レオーニ）は大統領ベック（モーガン・フリーマン）の元側近アラン（ジェームズ・クロムウェル）の辞任の謎のスクープを追う渦中、なんと大統領その人と極秘に会見。その2日後、大統領は巨大彗星が地球に接近しており、衝突まであと1年しかないという、全世界を震撼させる記者会見を行った。米国政府は百万人を収容する巨大なシェルターを建設。一方で、彗星を軌道から逸らすべく、宇宙飛行士チームがメサイア号と命名された宇宙船で出撃。指揮官である往年の宇宙飛行士スパージャン・タナー（ロバート・デュヴァル）以下、メンバーの決死の努力も空しく、彗星はふたつに破壊されただけで、地球に接近を続けた。地球上で人々は、大破局を迎える運命の時をおのおのが待ち受ける。
