武藤遊戯（声：風間俊介）は、古代エジプトより伝わる千年パズルを解いたことにより、もう一人の人格・闇遊戯を呼び覚ました。そして、海馬コーポレーション社長を務める一方で決闘者（デュエリスト）の頂点に立つ海馬瀬人（声：津田健次郎）や仲間たちと、数々の死闘を繰り広げていった。やがて過去との因縁により遊戯と闇遊戯はついに決別。闇遊戯との最後の決闘を終えた。しかし日常を取り戻した遊戯たちの前に、謎の少年・藍神（声：林遣都）が現れる。世界中で次々と謎の失踪事件が発生。海馬はひたすら千年パズルを探し求めていた。すべてのピースが合わさるとき、再び決闘（デュエル）がはじまる。
