遠い昔、はるか彼方の銀河系。平和だった銀河共和国に混乱が訪れていた。通商連合は辺境の惑星との交易ルートヘの課税問題に決着をつけるべく、武装艦隊で惑星ナプーを武力封鎖。即位間もない若き女王アミダラ（ナタリー・ポートマン）は連合の要求を拒否し、事態は悪化。元老院は調停のため、ふたりのジェダイの騎士クワイ＝ガン・ジン（リーアム・ニーソン）とオビ＝ワン・ケノービ（ユアン・マクレガー）を派遣するが、背後では暗黒卿ダーク・シディアスによって巨大な陰謀が進行していた。交渉の場から追われたふたりのジェダイはドロイド軍によって侵略されるナプーに降り立ち、そこで出会った水中の種族グンガン族のジャー・ジャー・ビンクス（アーメド・ベスト）の導きでナプーの宮廷にたどりつく。ふたりは事態を打開すべく女王に脱出をすすめ、元老院の調停を求めるため、銀河共和国の首都コルサントを目指す。