高校生だった2年前、ゲームをクリアしたスペンサー、マーサ、フリッジ、ベサニーはそれぞれの道を進み、今は大学生になっていた。しかしスペンサーは、あのときの興奮が忘れられず、粉々に破壊したジュマンジをこっそり修理し始める。その瞬間、またしてもゲームに吸い込まれてしまう。スペンサーを救出するために、3人も再びジュマンジにログインする。しかし、壊れたゲームの世界はバグを起こし、キャラの入れ替わり設定はめちゃくちゃに、さらになぜかスペンサーのお祖父ちゃんたちもジュマンジの中にいた。しかもジャングルのみならず、砂漠、氷山など新たなステージが追加され、難易度もアップしていた。ゲームに吸い込まれたスペンサーは、一体どのステージで、どんなキャラクターになっているのか？ ジュマンジの謎を解き、ゲームをクリアするしか生きて現実世界に帰る手段はないが、使えるライフは3回のみ。スペンサーたちは、ゲームをクリアすることができるのか……？
