最も信頼できるパートナーであるワタリ（藤村俊二）を失い、残り23日の生命となった“L”（松山ケンイチ）のもとに、幼い少年“BOY”がやってきた。彼は、驚異的な進化を遂げるウイルスによって壊滅したタイの村の出身で、ただひとり感染しない特殊な体質を持ち、天才的頭脳の持ち主だった。インフルエンザとエボラの特性を掛け合わせた最強のウイルスは、科学者である二階堂教授（鶴見辰吾）が開発したものだった。しかし、それが環境保護団体ブルーシップを名乗る的場大介（高嶋政伸）や久條希美子（工藤夕貴）によって細菌兵器として使用されることを知った二階堂は、娘の真希（福田麻由子）に希望を託して自らの命を絶つ。目の前で父親の死を見た真希は、希美子への復讐心を抱きながら逃亡する。一方、ウイルスによって人類を滅亡させ地球を浄化しようとするブルーシップの真意を察知したLは、FBI捜査官の駿河（南原清隆）の協力を得て、真希とBOYを松戸博士（平泉成）に引き合わせた。
