温暖化が進み、極冠の氷が融けて地表は全て水没した未来の地球。わずかに生き残った人々は、浮遊する都市＝アトール（岩礁）と呼ばれる人工の島を作って何とか生きながらえていた。トライマレン（三胴船）を操って海洋を旅するマリナー（ケヴィン・コスナー）は、交易のためオアシスという名のアトールに入港した。だが、海中でも呼吸のできるエラを持つミュータントであることが知れると住民に捕らえられ、死刑を宣告された。その時、ディーコン（デニス・ホッパー）の率いる凶悪な海賊集団スモーカーがオアシスを襲撃した。激しい戦闘のさなか、マリナーは酒場の女ヘレン（ジーン・トリプルホーン）に助けられ、少女エノーラ（ティナ・マジョリーノ）と共に海に逃れた。