近未来、東京・渋谷からT－ウイルスの感染が始まる。それから4年後、荒廃しきった世界で、ウイルスにより人類は滅亡の危機に瀕していた。アンブレラ社の秘密研究所でウイルス兵器の開発に関わっていたアリス（ミラ・ジョヴォヴィッチ）は、唯一T－ウイルスの取り込みに成功し、強力なパワー、スピード、異常な治癒力を獲得した。そして地球に残る唯一の組織となったアンブレラ社はアルバート・ウェスカー（ショーン・ロバーツ）の指揮の下、アリスのDNAを用いてクローンを生産するも逆にアリスにクローン隊を奪われる。アリスとそのクローン隊は、東京地下に建設されたアンブレラ社本社を急襲するが、ウェスカーは逃走時に核爆弾により本社を爆破消滅させる。
