エル・トポ（アレハンドロ・ホドロフスキー）は流浪のガンマンで、息子ブロンティス（ブロンティス・ホドロフスキー）を連れて旅をしている。ある日、村を襲った山賊を退治した。退治した大佐の女マーラィ（マーラ・ロレンツィオ）を見染め、息子を置き去りにし女と出発してしまう。女にそそのかされたエル・トポは、東洋哲学者、超能力者、自然主義者、砂漠の聖者などの人格高潔な四人のガンマンを極めて卑劣な手段で倒すが、途中で拾った女ガンマン（ポーラ・ロモ）とマーラィが同性愛に走ってしまう。二人の女に裏切られ、エル・トポは瀕死の目に合う。
