アメストリスの首都セントラルにある中央刑務所。刑期終了を間近に控えたひとりの囚人が、この刑務所から脱獄を果たした。その男、メルビン・ボイジャー(声：森川智之)が操る強力な錬金術に興味を惹かれたエドワード・エルリック(朴ロ美)と弟のアルフォンス(釘宮理恵)は、男の跡を追ってアメストリスの西、大国・クレタとの国境を目指すことになる。彼らがたどり着いた先は、巨大な崖に周りを囲まれた街・テーブルシティ。かつて“ミロス”と呼ばれていたこの地で、ふたりはジュリア・クライトン(坂本真綾)という少女に出会う。彼女の言葉に導かれ、エドワードたちはこの地に隠された血塗られた歴史を知ることになるのだった……。