極秘スパイ組織ＩＭＦのリーダー、ジム・フェルプス（ジョン・ヴォイト）の元に当局から指令が入った。任務は、東欧に潜入しているＣＩＡ情報員のリスト“ＮＯＣ”を盗んだプラハの米大使館員ゴリツィンと情報の買い手を捕らえること。だが盗まれたのは暗号名の情報だけで、本名のリストは別にある。ゴリツィンはそれを入手するため、明日の大使館のパーティに現れるらしい。ジムの作戦に従い、イーサン・ハント（トム・クルーズ）をはじめとするＩＭＦのメンバーは大使館に向かった。しかし、作戦は敵に筒抜けで、ハッカーのジャック（エミリオ・エステヴェス）、工作員のサラ（クリスティン・スコット・トーマス）、監視役のハンナ（インゲボーガ・ダプクテイナ）にゴリツィンまでが殺され、ジムも銃弾に倒れてしまう。辛くも逃れたイーサンはＣＩＡのキトリッジ（ヘンリー・ツァーニー）に会い、彼からＩＭＦに内通者がいると聞かされる。
