時は1936年。第2次大戦勃発直前の混乱期。勢力を増しつつあるナチス・ヒトラーは、最大の武器として多大な力を発揮するという伝説的なアーク＜聖櫃＞の行方を執拗に追っていた。そのことを知ったアメリカ側は、阻止すべくあらゆる手段を用いる覚悟でいた。その困難な任務を受けることになったのは、インディアナ・ジョーンズ博士（ハリソン・フォード）。大学で考古学を教える教授である彼はアメリカ政府から、アーク発掘の要請を受け、早速エジプトに渡った。彼は、恩師の娘で、かつて恋人だったマリオン（カレン・アレン）とネパールで再会した。早くもナチス一派の攻撃を受けた彼らは、必然的に行動を共にすることになる。
