マルセイユ沖の海上に漂う一人の男（マット・デイモン）を漁船が救い上げるが、男は記憶喪失に。唯一の手がかりのチューリヒ相互銀行の貸し金庫を開け、パスポートに「ジェイソン・ボーン」との署名やパリ在住との記載を見つけ一安心するが、他5種類のパスポートに多額の札束、1丁の銃が入っており、自分は何者かと焦る。一方CIA 幹部・コンクリン（クリス・クーパー）の元にジェイソン・ボーンが生きていたとの報告が入り、直ちに抹殺指令を下す。追っ手に攻め入られたジェイソンは居合わせたマリー（フランカ・ポテンテ）にパリまで乗せるよう頼み、追っ手を撒くうちに二人は惹かれあう。
