謎の仮面の男の手により、封印していた巨大な魔獣・九尾が放たれてしまった木ノ葉隠れの里は、九尾の力により壊滅寸前にまで陥る。里の首長である四代目火影・ミナトは妻のクシナとともに、里を守るため生まれたばかりのナルトへ九尾を封印。二人は命を落とすが、里は救われた。それから十数年後、死んだはずの忍の集団・『暁』がナルト（声：竹内順子）に封じられた九尾の力を求めて里を襲撃してくる。かろうじてこの激戦に勝ったものの、各国の里に宣戦布告した仮面の男が木ノ葉隠れの里に現れる。家族の面影すら知らないナルトは孤独感を胸に、サクラ（声：中村千絵）とともに仮面の男と対峙する・・・。