幼い弟・英夫（西山潤）の病気療養の為、離島”夜美島“に父と共に引っ越して来た由貴（市川由衣）は、隣人から「サイレンが鳴ったら外に出てはならない」と謎めいた忠告を受ける。実は29年前の嵐の夜、この島で謎のサイレンの音と共に全島民が突如姿を消す未曾有の怪事件が発生し、たったひとり生き残った男・土田（阿部寛）が狂ったようにその言葉を繰り返していたと言うのだ。引っ越し早々、言い知れぬ不安が由貴を襲う。そして、1度目のサイレン。その夜から、由貴は異様な出来事を次々に目の当たりにするのであった。怪しげな土着の宗教、廃墟に残された文字、不気味な旋律の島唄、赤い服を着た謎の少女、疫病患者を隔離した島の歴史・伝説、様子のおかしい父……。
