19歳になり、美しい娘に成長したアリス（ミア・ワシコウスカ）は、退屈な婚約者からのプロポーズに困惑し、その場を逃げ出す。そのとき目の前に現れたのは懐中時計を持った白ウサギ（声：マイケル・シーン）。その後を追って穴に転がり落ちたアリスが辿り着いたのはアンダーランドと呼ばれる不思議の国。ここの住人である白ウサギたちが、アリスを呼び寄せたのだ。アンダーランドは独裁者、赤の女王（ヘレナ・ボナム＝カーター）が君臨する暗黒時代。“預言の書”には、救世主が現れてこの暗黒時代を終わらせるとあった。そして、そこに描かれた救世主こそアリス。
