人体への放射線の影響を研究していた科学者ブルース・バナー（エドワード・ノートン）は、研究中の事故により怒りとともに巨大な緑色のモンスター＝ハルクに変身する能力を得る。実験の責任者だったロス将軍（ウィリアム・ハート）は、その能力を軍事利用するために彼の後を追っていた。ブルースは追跡を逃れてブラジルに潜伏、自らの治療薬開発に取り組んでいた。だが、彼の居所を突き止めたロス将軍は、エミル・ブロンスキー（ティム・ロス）率いる特殊部隊を派遣。窮地に陥るブルースだったが、間一髪ハルクに変身して危機を脱する。ブロンスキーはブルースを取り逃がすが、彼は初めて目にしたハルクの圧倒的なパワーに魅了される。そして、自分もその力を得ようと、軍が極秘に進めていた兵力強化の“スーパー・ソルジャー計画”に志願。
