モンタナ州立大学付属ロッキー博物館。古生物学者のアラン・グラント博士（サム・ニール）は、助手のビリー（アレッサンドロ・ニヴォラ）と一緒に恐竜の研究を続けていた。そんな2人のもとへ実業家と名乗るポール（ウィリアム・H・メイシー）と妻のアマンダ（ティア・レオーニ）が現われ、恐竜が存在するイスラ・ソルナ島上空を回るツアーのガイドをしてほしいと申し出る。グラントは研究資金を見返りとすることで、彼らの要望を承諾。しかし上空を舞うはずの飛行機は、島に着陸する。実はポールとアマンダの本当の目的は、8週間前にこの島で行方不明になった息子のエリック（トレヴァー・モーガン）を探すことだったのだ……。
