コワいもの知らずの隊長、分析が得意なブレーン的存在のコワルスキー、武器と破壊が専門のやんちゃ者・リコ、そして修行中の新人からなる“ペンギンズ”は、潜入捜査と空中アクロバットのスペシャリスト。だが潜入捜査を行っていたある時、彼らは突然誘拐されてしまう。犯人は、かつて動物園でペンギンズに人気を横取りされ、深い恨みを抱えていたタコのデーブであった。デーブが人間の姿のオクト博士に変身して、世界中のペンギンたちに復讐を企てていることを知った隊長たちは、スパイ軍団ノース・ウィンドと協力しながら、特別任務を決行しようとするのだが……。
