西暦2259年。平和を保っていた地球に突如訪れた史上最大の危機は、スターフリートの隊員、ジョン・ハリソン(ベネディクト・カンバーバッチ)によってもたらされた。復讐を誓い、たった一人で戦争を仕掛けてきたハリソン。ロンドン、サンフランシスコと急速に広がる地球規模の脅威を前に、エンタープライズ号船長、ジェームス・T・カーク(クリス・パイン)は、敵が潜む宇宙の戦闘地帯へと旅立つ。だが生死を賭けたバトルが展開される中、カークと仲間たちとの絆が徐々に引き裂かれていく。ハリソンの過去、そして復讐の真の目的とは何なのか。地球の存亡と引き換えに、カークが、そしてエンタープライズのクルーたちが払わなければならない犠牲はあまりに大きいものであった……。
