南米ペルーのジャングルからやって来たパディントン。今ではウィンザーガーデンでブラウン一家と幸せに暮らしている。彼はどこへ行っても“元気”と“マーマレード”を振りまき、周囲から愛される人気者だった。そんななか、大好きなルーシーおばさんの100歳の誕生日プレゼントを探していたパディントンは、グル―バーさんの骨董品屋でユニークな飛び出す絵本を見つける。絵本代を稼ごうと様々な雑用仕事を始めるパディントンだったが、ある日、その絵本が何者かに盗まれてしまう。不思議な出来事が街で起こり始めるなか、パディントンはブラウン一家とともに事件を追いかける……。
