平和を守る「アベンジャーズ」の戦いは、アメリカ国内のみならず全世界に広がり、多くの人々を救ってきた。だがその反面、国境を軽々と飛び越える戦いがもたらす被害も甚大になってゆく。やがて、世界中で巻き起こるアベンジャーズを危険視する声。ついに彼らは、国際的な政府組織の管理下に置かれ、無許可での活動を禁止される。アイアンマンとして数多くの人々を救いながらも、一般市民を危険に晒したという罪の意識を持つトニー・スターク（ロバート・ダウニー・Jr）は、これに賛成。しかし、自由を重んじるキャプテン・アメリカことスティーブ・ロジャース（クリス・エヴァンス）は、そんなトニーに失望する。両者の対立がエスカレートする中、事態は大きく動く。
