近未来のアメリカ。海軍が極秘に進めているテロ対策プロジェクトのために、集められたエリートパイロットからトップの3名が選ばれた。ベン・ギャノン大尉（ジョシュ・ルーカス）、カーラ・ウェイド大尉（ジェシカ・ビール）、ヘンリー・パーセル大尉（ジェイミー・フォックス）。最新のステルス戦闘機を操縦する彼らは、3機でのチームワークを高めてきたが、指揮官のジョージ・カミングス大佐（サム・シェパード）から、チームに新たな仲間が加わることを告げられる。それはエディと名付けられた、最新鋭の人工頭脳が操縦する無人ステルス戦闘機。ところが落雷に巻き込まれて頭脳に異常が起こったエディは、タジキスタンで移送中の核弾頭を撃破する任務の際、命令を無視して近くに農村がある地帯へミサイルを投下してしまう。