2万年前の地球。温暖化が進み、氷河期が終わろうとしている。リスともネズミともつかない動物スクラットは、相変わらずドングリを探している。氷の世界から水の世界へと移る中、ウォーター・スライドや波のプールがある谷は、日光浴をしている動物たちでいっぱいだった。暖かくて氷が溶け出した世界の恩恵を存分に受け、新しい世界を楽しんでいる。人間の赤ちゃんを家族の元へ届けるための旅を通じて友情を育んだマンモスのマニー（レイ・ロマーノ）、ナマケモノのシド（ジョン・レグイザモ）、サーベルタイガーのディエゴ（デニス・リアリー）は、谷で平和に暮らしている。しかし、家族が欲しいと思っているマニーは、自分が最後のマンモスで、これからもずっと一人ぼっちであることをさびしく感じていた。シドは、仲間のみんなや他の動物たち、そして女の子から尊敬されてちやほやされたいと思っていた。そしてディエゴは氷に対する恐怖感を抱えており、3匹はそれぞれ心に“何か”を抱えていた。
