エイリアンが宇宙貨物船ノストロモ号を襲った惨事から唯1人生き残った2等航海士リプリー（シガニー・ウィーヴァー）は、57年後、催眠カプセルの中で眠りながら宇宙空間を漂っているところを発見され、ゲッタウェイ・ステイションに連れてこられた。彼女は貨物船会社の上層部にエイリアンの話をするが、誰も信じようとはしない。そればかりか、エイリアンの卵の巣である未踏の惑星ＬＶ426に宇宙技術者やその家族が住みついていると聞いて驚愕するのだった。今はアチェロンと呼ばれているその惑星との連絡が途絶え、リプリーはその原因調査を依頼され、しぶしぶ宇宙海兵隊員と共に軍事用輸送船スラコ号に乗り込んだ。
