あれから10年後の1994年、人類滅亡の日は3年後に迫っていた。表面上は平和に見えるロサンゼルスの街に、未来から2体のターミネーターが送り込まれてきた。1体は未来社会を支配しているミリタリー・コンピューター、スカイネットにより送り込まれたT1000型（ロバート・パトリック）。未来の指導者となるべく運命づけられた少年ジョン・コナー（エドワード・ファーロング）を抹殺するという使命を与えられたT1000は、形状記憶擬似合金で構成されていて、触れることでどんな物体にも変化でき、しかもその戦闘能力は以前の101型をはるかに上回っていた。もう1体は未来のジョン・コナー自身が送りこんだT800型（アーノルド・シユワルツェネッガー）で、少年ジョンを守ることを使命としてインプットされていた。その頃、ジョン・コナーは養子に出され、その母サラ・コナー（リンダ・ハミルトン）は、1997年8月29日に核戦争が勃発し人類が滅亡するという危機を人々に訴えようとして精神病院に送り込まれていた。
