2029年、企業のネットが星を被い電子や光が駆け巡っても国家や民族が消えてなくなるほど情報化されていない近未来。場所は、アジアの一画にある企業集合体国家。通信ネットワークの飛躍的な進歩と人体のサイボーグ化とに伴う電脳犯罪の高度化・複雑化にしたがい、政府は、荒巻部長を責任者、サイボーグの草薙素子少佐を隊長とする非公然で首相直属の特殊部隊・公安9課＝通称“攻殻機動隊”を誕生させた。草薙たちは公的機関で対処できない犯罪に対し、暗殺などの方法で処理していった。その9課に、不特定多数の人間の電脳に侵入して自在に操り犯罪を重ねる、正体不明の国際的ハッカー“人形使い”がこの国に現われると警告が発せられる。