2077年、エイリアンの攻撃を受けて地球は壊滅する。人類は他の惑星へ移住するが、ジャック（トム・クルーズ）は高度1,000mの上空から地球を監視するため、たった1人で地球に残っていた。ある日ジャックは、墜落した宇宙船で美女ジュリア（オルガ・キュリレンコ）が眠っているのを見つける。彼女は目を覚ますと、会ったこともないジャックの名前を口にする。ジャックは断片的な記憶をたどるが、誰もいないはずの地球で、謎の男ビーチ（モーガン・フリーマン）によって拘束される。ジュリアとビーチによって、ジャックと地球の運命が動き始める……。
