1897年、ペンシルヴァニア州。深い森に囲まれた人口60人ほどのこの小さな村で、人々は自給自足の生活を営んでいる。だがこの共同体を守るために、村人は不可解な掟を義務付けられていた。しかし鍛冶職人のルシアス・ハント（ホアキン・フェニックス）は、閉鎖的な村の生活に飽き足らず、外の世界への好奇心を日々募らせていた。彼の恋人は、村の指導者エドワード・ウォーカー（ウィリアム・ハート）の娘、アイヴィー（ブライス・ダラス・ハワード）。彼女はほとんど盲目だったが、おぼろげなイメージを感じることはできた。幼なじみのノア・パーシー（エイドリアン・ブロディ）は、精神のバランスを欠いており、いつも村と禁断の森の境界をうろついていた。彼はアイヴィーを愛しており、ルシアスに憎悪を募らせていた。そしてアイヴィーの姉、キティ（ジュディ・グリアー）の結婚式の前日、ノアの手に、不吉な色とされる赤い花が握られていたことをきっかけに、突然村の平穏な日々は終わりを告げる。
