1930年。デンマークに住む風景画家アイナー・ヴェイナー（エディ・レッドメイン）は、ある日、肖像画家である妻のゲルダ（アリシア・ヴィキャンデル）に頼まれ女性モデルの代役を務めることに。これをきっかけに、アイナーに内在していた女性性が目覚めていった。次第にリリーという名の女性として過ごすことが多くなっていき、心と身体との不一致に苦悩を深めていくアイナー。ゲルダもまた、アイナーが夫でなくなっていくことに困惑するものの、やがてリリーこそがアイナーの本来の姿であると理解し受け入れていく。そしてパリに移住し解決の道を探す二人の前に、ある婦人科医が現れる――。
