街には高層ビルが立ち並び、空には無数の宇宙船が飛び交う江戸時代末期。宇宙からやってきた“天人(あまんと)”の台頭と廃刀令により、かつて隆盛を極めた侍は衰退の一途をたどっていた。そんな時代に侍魂を堅持する少々変わった男・坂田銀時(小栗旬)は、ひょんなことから志村新八(菅田将暉)と神楽(橋本環奈)に出会い、万事屋を営むことに。そんななか、新八の姉・妙(長澤まさみ)や攘夷志士の生き残り・桂小太郎(岡田将生)、真選組の近藤勲(中村勘九郎)、土方十四郎(柳楽優弥)、沖田総悟(吉沢亮)らを巻き込みながら、様々な事件や騒動が起こり始め……。