それは、簡単な任務のはずだった。未知の生物の存在を確認しようと、学者やカメラマン、軍人で構成された調査遠征隊が潜入した太平洋に浮かぶ謎の孤島・髑髏島。だがそこは、決して人間が足を踏み入れてはならない場所だった。島に着くとすぐに、そこがただの島ではないことが明らかになる。至るところに散らばる骸骨。そして、岩壁には血塗られた巨大な手の跡が……。やがて姿を現したのは、巨大な守護神キングコング。そして、脅威はこれだけに止まらなかった。続いて現れる正体不明の凶暴な巨大生物たち。島を破壊した人間たちは、なすすべもなく逃げ惑うばかり。髑髏島の秘密とは……？彼らは島から生きて脱出できるのか……？果たして、コングは人類の敵なのか、それとも味方なのか……？
