職員旅行で同じ埼玉県内の奥秩父の温泉に出かけたふたば幼稚園の先生たちが、巨大な怪獣を目撃。取り調べを受け、足止めを喰らったことから、翌日、幼稚園は休みになった。この知らせに喜んだしんのすけは、早速留守番をサボって散歩に出かけるが、途中、地面に突っ伏して倒れている・丹波・と名乗るおじさんを発見。風呂に入りたいと言う彼を家に招待すると、一緒に楽しい一時を過ごすのだった。ところがその翌日、野原一家は・日本人の心・である全国の温泉を秘かに管理、維持している政府機関「温泉Ｇメン」の基地に連れさらわれてしまう。実は、地球全体を温泉にして風呂好きな人たちを溺死させるという途方もなくばかばかしくも恐ろしい・地球温泉化計画・を、風呂を嫌うテロ組織「ＹＵＺＡＭＥ」が極秘裡に進めており、その陰謀を阻止する為に必要な伝説の温泉・金の魂の湯・（略してキンタマの湯）が野原家の地下に存在するらしく、その掘削作業の邪魔にならないように野原家は温泉Ｇメンの基地に連れてこられたという訳なのだ。そのことを隊長の草津から聞かされ、協力を求められる野原一家。
