アメリカ大統領は、国を裏切った機密部隊G.I.ジョーの処刑命令を発令、パキスタンで極秘任務中のG.I.ジョーは大統領の陰謀にはめられ、突如襲撃を受ける。生き残ったメンバーはわずか数名、G.I.ジョーは解体となってしまう。一方、最強の暗殺者ストームシャドー(イ・ビョンホン)が復活、テロ組織“コブラ”が再び勢力を広めていく。東京に始まり、上海、モスクワ、ワシントンDCと世界各地に脅威は波及、遂にはロンドンへ核爆弾が落とされ、世界は彼らにひれ伏すこととなってしまう。そんな中、孤立無援、絶体絶命のG.I.ジョーのメンバーは、初代G.I.ジョーであるジョー・コルトン司令官(ブルース・ウィリス)に救助を要請。新たなボスを迎えた新生“G.I.ジョー”が世界の危機に立ち向かっていく……。
