現実世界への旅を通して真実の探求を続けるネオ（キアヌ・リーヴス）は、その過程でパワーを使い尽くし、マトリックスとマシン地帯の間にある無人地帯に取り残される。眠り続けるネオを見守るトリニティー（キャリー＝アン・モス）。だがモーフィアス（ローレンス・フィッシュバーン）は、救世主がマトリックスの設計者によって作られたコントロール・システムに過ぎないという事実にショックを受けていた。マシン軍がザイオンに突き進む中、ジー（ノーナ・ゲイ）やキッド（クレイトン・ワトソン）など勇敢な市民の志願者に支えられたザイオン軍は、必死の攻防を試みる。
