닥터 M의 해저 기지에서 구조된 마인드코어 소닉과 켄은 도운과 리모의 보살핌 아래 대도시의 영웅으로 다시 활동을 시작한다. 한편, 해저 서버를 잃은 닥터 M은 모든 컴퓨터를 이용하기 위해 바이러스를 확산시킨다.