수수께끼의 탐정 아케치 코고로를 중심으로 모인 소년탐정단. 멤버 중 한 명인 하나사키 켄스케는 우연히 알게 된 의문의 소년 코바야시 요시오에게 관심을 갖고, 그에게 소년탐정단에 들어오지 않겠냐고 제안한다.