대재앙 니어 서드 임팩트 이후 14년 만에 동결 상태에서 깨어난 신지. 아야나미 레이를 찾아 다시 네르프로 향한 신지는 그곳에서 나기사 카오루를 만나고 충격적인 사실을 전해 듣는다.