음악가만을 노린 연쇄살인사건이 발생하고, 피해자들은 모두 유명한 피아니스트가 설립한 음악 아카데미 출신들임이 밝혀진다. 한편, 코난과 친구들은 세계적인 음악가들이 모이는 음악홀 설립 기념 콘서트에 초대된다. 이번 콘서트의 주인공 천재 소프라노 가수를 겨냥한 의문의 사건이 이어지는 가운데, 그녀를 위험에서 구한 코난은 오히려 범인의 표적이 되고 만다. 콘서트 직전, 코난은 누군가의 습격을 받아 쓰러지고 음악홀은 연이은 폭발로 불바다가 된다. 하지만, 란 일행을 포함한 천 명의 관객들은 그 사실을 알지 못한 채 콘서트가 계속되는데… 과연, 코난은 위기에 빠진 란을 구할 수 있을 것인가?