정체불명의 사도들이 인류를 다시 공격하기 시작하고, 이카리 신지를 비롯한 네르프 소속의 파일럿들은 사도의 위협에 맞서 싸운다. 한편, 기동 실험 중인 에바 3호기가 제9 사도에 납치당하자 신지는 요격에 나선다.