녹색 파이프를 통해 새로운 세상으로 빨려 들어간 배관공 형제 마리오와 루이지. 피치 공주의 버섯왕국에 도착한 마리오는 악당 쿠파의 다크랜드로 떨어진 루이지를 구출하기 위해 쿠파에 맞서기로 결심한다.