유례없는 대재해 세컨드 임팩트 이후, 인류의 명운은 제3 신도쿄도시를 기반으로 한 특무기관 네르프에 맡겨진다. 네르프 본부로 끌려간 이카리 신지는 사도와 싸우도록 강요당하고 에반게리온 초호기에 올라탄다.