검은 조직에 의해 초등학생 코난의 몸으로 작아진 고등학생 명탐정 신이치. 그가 란과 만나기로 약속한 날 밤, 의문의 남자가 도심 전체를 표적으로 한 연쇄 폭탄 테러를 예고한다.