IMF의 리더 이단 헌트는 러시아 크렘린 궁 폭발 테러 사건의 범인으로 몰린다. 정부는 IMF에 대해 고스트 프로토콜을 발동하고, 헌트는 자신과 조직의 명예를 되찾기 위해 불가능한 미션을 시작한다.