인류에 대재앙을 일으킨 세컨드 임팩트가 발생한 지 15년 후, 사도라 불리는 수수께끼의 거대 물체가 출현한다. 이에 맞서 특무 기관 네르프는 14살 신지에게 에반게리온 조종을 맡긴다.