지구에 인간의 모습으로 숨어 사는 외계인을 관리하는 기밀 조직 MIB. 지구에 방문한 외교 사절이 암살당해 은하계가 전면전에 돌입하자 MIB의 비밀 요원 제이는 형사 케이와 함께 지구를 지키기 위해 나선다.