유전자 연구소 하이브에 치명적인 바이러스가 유출되고 연구소를 통제하던 슈퍼 컴퓨터 레드퀸이 인간에게 대항하기 시작한다. 그러자 앨리스는 레드퀸과 바이러스를 막기 위한 두뇌게임을 시작한다.